કપાસના નાના છોડ શરૂઆતની અવસ્થામાં મરી જતા જોવા મળે છે. ખેતરમાં પિયતનું કે વરસાદનું પાણી લાંબાં સમય ભરાઈ રહે તો નાના છોડ મરી જવાની શકયતા રહે છે. જમીનની નિતાર શક્તિ ઓછી હોય ત્યારે વરસાદી પાણીથી જમીન સંતૃપ્ત થઈ જાય છે. પાસનો છોડ પાણીની ખેંચ કરતા પાણી ભરાવા પ્રત્યે વધુ સંવેદનશીલ હોય છે. ખૂણિયાં ટપકાંના રોગમાં ધરૂના થડ પર લાંબા, ચાંઠાઓ થતા ધરૂ મરી જાય છે.
કપાસના ખેતરમાં ઊભા છોડ સૂકાઈ/ ચીમળાઈ જવાના કિસ્સા અવારનવાર જોવા મળે છે. તેને માટે જમીનનો પ્રકાર, જીવાત, રોગ અને હવામાન જાવાબદાર હોય છે. જે જમીનમાં ઊધઈની હાજરી હોય તો મૂળ કાપી ખાવાથી છોડ સૂકાઈ જાય છે. ખાસ કરીને ગોરાડું જમીનમાં આ પ્રશ્ન ખૂબ જ સતાવે છે. આવા સૂકાયેલ છોડને ઉપાડીને તેના મૂળનો ભાગ તપાસતાં તે ખવાયેલો જોવા મળે છે અને ઊધઈની હાજરી પણ જોવા મળે છે. ચિકટો (મીલીબગ)નો ઉપદ્રવ વધુ પડતો હોય તો પણ ઉપદ્રવિત છોડ સૂકાઈ જાય છે. હલકી જમીનમાં કપાસનું વાવેતર કરવાથી ઘણી વખત છોડ જમીનમાંથી જરૂરી પોષક તત્વો ન લઈ શકવાને કારણે છોડ સૂકાતા હોય છે.